O Conselho de Coordenação da Faculdade de Motricidade Humana é um órgão que apoia o Presidente da FMH na gestão corrente da mesma.
Compete ao Conselho de Coordenação apoiar o Presidente da FMH em todas as matérias que se prendem com a gestão corrente da Faculdade, assegurando uma articulação entre os vários órgãos de gestão.

O Conselho de Ética para a Investigação da Faculdade de Motricidade Humana (CEIFMH) é um órgão da FMH e "goza de independência face aos órgãos da FMH para emitir pareceres acerca de todas as atividades de investigação para que for chamado a pronunciar-se".

O Conselho de Docentes e Investigadores é um órgão consultivo do Conselho Científico, sendo constituído por todos os docentes e investigadores com vínculo à FMH, e poderá ser ouvido, sem carácter vinculativo, em todas as matérias para as quais o conselho científico solicitar o seu parecer.

Os Departamentos são órgãos que têm por missão a criação e a transmissão de conhecimento de elevada qualidade no seu domínio científico e áreas afins, competindos-lhe a organização de programas e projetos de natureza científico-pedagógica e científico-tecnológica, bem como a gestão de recursos humanos e materiais na prossecução da sua missão. São constituidos por um grupo de pelos menos 20 doutorados.

A FMH dispõe de dois Departamentos:

• Educação, Ciências Sociais e Humanidades
• Desporto e Saúde

As Secções Autónomas são órgãos que têm por missão a criação e a transmissão de conhecimento de elevada qualidade no seu domínio científico e áreas afins, competindos-lhe a organização de programas e projetos de natureza científico-pedagógica e científico-tecnológica, bem como a gestão de recursos humanos e materiais na prossecução da sua missão. Pela específicidade cíentífica é constituido por grupo inferiror a 20 doutorados.

A FMH dispõe de duas Secções Autónomas:

• Ergonomia
• Métodos Matemáticos

O Conselho Coordenador da Formação Científica apoia o Conselho Científico, em particular em questões relativas ao 3.º Ciclo e Pós-Doutoramentos e é constituído é constituído pelo Presidente do Conselho Científico, pelos elementos deste órgão que integram a sua comissão de Doutoramento e Pós-Doutoramento, pelos coordenadores e coordenadores adjuntos de cada curso de doutoramento e pelos coordenadores das respetivas especialidades. 

Compete ao Conselho Coordenador da Formação Científica propor ao Conselho Científico normas e procedimentos comuns entre os diferentes cursos de doutoramento, nomeadamente, nos critérios de seleção de candidatos, da avaliação das unidades curriculares e das teses, assim como a elaboração de unidades curriculares comuns.

O Conselho Coordenador da Formação Inicial e Profissional apoia o Conselho Pedagógico, em particular em questões relativas ao 1.º Ciclo e 2.º Ciclo de continuidade e é constituído por todos os Coordenadores dos cursos e os Coordenadores-adjuntos.

O Conselho Coordenador da Formação Contínua e Especializada apoia o Conselho Pedagógico, em particular em questões relativas ao 2.º Ciclo e Pós-graduações não conducentes a grau e é constituído por todos os Coordenadores dos cursos e os Coordenadores-adjuntos.